ولد محمد الظواهري المعروف باسم (أبو أيمن المصري ) عام 1953 بمنطقة الدقي بمحافظة الجيزة. 

انضم ،وهو ما زال طالباً في كلية الهندسة، إلى جماعة الجهاد وتخرج في كلية الهندسة قسم معمار في 1974 واتهم في قضية الجهاد عام 1984 م، لكنه فر لأفغانستان للمشاركة في المعارك ضد السوفيت.

تعلم على أيدي عدد من الشيوخ منهم الشيخ عبد المحسن العباد رئيس الجامعة الإسلامية سابقاً والشيخ سفر الحوالي الذي درس معه شرح العقيدة الطحاوية، والشيخ خربوش الإمام بالحرم النبوي والذي كان يدرّس سنن أبي داود بسند متصل في حلقته بالمسجد النبوي بعد صلاة الفجر، والشيخ محمد أمين الهرري الأثيوبي. حاول الأمن السعودي القبض عليه في عام 1993 قبل ان يفر ،فحكم عليه بالإعدام في قضية العائدين من ألبانيا إلى أن ألقي القبض عليه في دولة الإمارات، وظل في مخابراتها قرابة خمسة أشهر، حين سلمته بعد ذلك إلي مصر, بعد حادثتي نيروبي ودار السلام ثم سلمته المخابرات إلى جهاز أمن الدولة المصري ليظل فيه قرابة ستة أشهر. 

أفرج عنه في 17 آذار عام 2011 بعد ثورة 25 كانون الثاني التي أطاحت بحكم حسني مبارك. 

أعيد اعتقاله بعد يومين اثر اعلان الأمن المصري بأنه محكوم عليه بالإعدام بقضية "العائدون من ألبانيا" وكان محمد الظواهري في عداد 8 أشخاص صدرت ضدهم أحكام بالإعدام في نفس القضية ذاتها ضمن 107 متهمين صدرت أحكام بالسجن لمدد مختلفة لـ 50 منهم والباقون صدرت لهم أحكام بالبراءة.