من الناحية العلمية ، وفي ضوء واقع الأنظمة الطبية العدلية السائدة في الدول المختلفة، يقسم مجال الطب العدلي الى قسمين أساسيين يختصان بجسد الإنسان،سواء كان حياً أو ميتاً. ويرتبط بهذين القسمين العديد من العلوم الفنية الطبية العدلية Forensic sciences، مثل: الأدلة الجنائية- الكيمياء الطبية الشرعية – البصمات - الأسلحة والمتفجرات- بحوث الدم ، الخ .

وهذان القسمان هما :أولاً- الطب العدلي المرضي Forensic Pathology 

يختص هذا القسم بتحديد سبب الوفاة Cause of Death من خلال فحص وتشريح الجثث في القضايا الطبية العدلية المتعلقة بالمتوفين،وتسمى " قضايا الوفيات".وكذلك المساعدة في معرفة نوع الوفاة Manner of Death من حيث كونها وفاة طبيعية او غير طبيعية( جنائية،انتحارية، عرضية) .

ويُمثلّ هذا القسم نظام محقق الوفيات Fiscal Procurator System في بعض البلدان، وأيضاً نظام الفاحص الطبي Medical Examiner System في بلدان أخرى .

وتتعامل مع الطبيب العدلي في قضايا الوفيات: مختبرات/معامل الباثولوجيا الطبية العدلية .

أما حالات الوفاة ، التي يجب على المحقق الجنائي إرسالها الى الطب العدلي الباثولوجي، فهي كل الوفيات ذات الأسباب غير الطبيعية،أو عندما يكون سبب الوفاة غير معروف، مثل:1- الوفيات بسبب العنف: الحوادث المشتبه في جنائيتها،كالانتحار أو القتل، سواء حدثت الوفاة مباشرة- نتيجة الإصابة، أو غير مباشرة- بعد انقضاء أسابيع وحتى شهور .

2- الوفيات الناشئة عن التسمم أو المخدرات أو الكحوليات.

3- الوفيات المثيرة للشك والريبة .

4- الوفيات بسبب الممارسة الطبية، مثل الوفاة بعد الإجهاض،أو أثناء العمليات الجراحية،أو أثناء التخدير..الخ .

5- الوفيات الفجائية .

6- الوفيات في السجون أو أثناء التوقيف من قبل الشرطة.

7- وفيات في أشخاص ليسوا تحت رعاية طبية .

8- الوفيات نتيجة أسباب غير معروفة أو وفيات غير مفسرة.

ثانياً- الطب العدلي السريري Clinical Forensic Medicine 

يختص هذا القسم بالمسائل الطبية ذات البعد العدلي، أو القانوني، في الأشخاص الأحياء،وتسمى "قضايا الأحياء"، وتشمل :أ- قضايا الاعتداءات الجنسية في الإناث (اغتصاب)، أو في الذكور(لواط) .

ب- قضايا تحديد الإصابات ونسب العجز لدى المصاب في حالة الاعتداءات الجسدية، سواء كانت جنائية، أم نتيجة خطأ، وذلك لمعرفة نسبة التعويضات.

ج- تقدير السن .

د- تقدير الصلاحية العقلية للفرد- تقدم إما للمحاكمة،أو للتصرف في الممتلكات ، أو للمسؤولية العقابية عن الجرائم.

وكل هذه المسائل الطبية تُعتبرُ من الأعمال الهامة للطبيب العدلي، وتدخل في نطاق أعماله- لدى قسم من الدول،أو توكل الى أطباء مختصين في الفروع الطبية المختلفة عن طريق الانتداب أو في مستشفيات تابعة لوزارة الصحة- في بلدان أخرى.أو أقسام محددة مسبقاً من قبل الهيئات القضائية- في دول أخرى .

ولكل بلد تعليماته المُنظِمة لبعض هذه القضايا، مثل قضايا الاعتداءات الجنسية في الإناث، حيث تلزم بعض البلدان العربية،كالسعودية،مثلاً، إجراء الكشف الطبي العدلي من قبل طبيبات الأمراض النسائية المختصات، بموافقة القاضي الشرعي.وفي حالة الاعتداء الجنسي في الذكور يتم الكشف من قبل الطبيب ومساعده فقط في غرفة الكشف، وتحال حالات الفعل الحادة أو الحديثة في نفس اليوم من قبل السلطات المختصة على المستوصفات والمستشفيات الحكومية التابعة لوزارة الصحة، حيث يمكن للطبيب العام معرفة اَثار الفعل الحديث بالمجني عليه بسهولة،لوجود جروح وتشققات وكدمات بفتحة الشرج نتيجة الفعل، مع تلوث بمنطقة الدبر Anus أو بين الفخذين، وعلامات عنف ومقاومة بسطح الجسم.وهنا يجب على الطبيب أخذ مسحتين،إحداهما من حول فتحة الشرج، والأخرى من منطقة الدبر (قبل الفحص الشرجي) ووضعها على قطعة من الشاش النظيف أو على شريحة زجاجية، وتحريز لباس المجني عليه، وإرسال المسحة والملابس للمختبر الجنائي .

أما في حالات فعل الفاحشة المتكرر والقديم،فتحال الى الطبيب العدلي.وفي حالة عدم وجود طبيب عدلي، فيمكن للمحقق عرضها على الجراح لإثبات الحالة، وأخذ المسحات، وتحريز الملابس، وإرسالها للمختبر الجنائي المركزي.