ولد في 20 آب 1951 في قرية العدوة بمحافظة الشرقية ونشأ وسط عائلة بسيطة إذ كان والده فلاحا فيما كانت أمه ربة منزل.تزوج عام 1978 وله خمسة أولاد وثلاثة من الأحفاد. كان يسكن في التجمع الخامس. وكانت زوجته، التي لم تكمل الدراسة الجامعية، تنشط في العمل الدعو

ولد في 20 آب 1951 في قرية العدوة بمحافظة الشرقية ونشأ وسط عائلة بسيطة إذ كان والده فلاحا فيما كانت أمه ربة منزل.
تزوج عام 1978 وله خمسة أولاد وثلاثة من الأحفاد. كان يسكن في التجمع الخامس. وكانت زوجته، التي لم تكمل الدراسة الجامعية، تنشط في العمل الدعوي والاجتماعي من خلال قسم التربية بجماعة الإخوان المسلمين.
حصل اثنان من أولاده على الجنسية الأميركية بالميلاد. وقالت مصادر حزب الحرية والعدالة إن مرسي عُرض عليه الحصول على الجنسية الأميركية أثناء وجوده في الولايات المتحدة، لكنه رفض ذلك.

انتقل إلى القاهرة للدراسة الجامعية بكلية الهندسة 1970-1975. وتخرج من الجامعة بتقدير امتياز مع مرتبة الشرف وعين معيدا بها.
وسافر إلى الولايات المتحدة عام 1978 للعمل وإكمال الدراسة وحصل على الماجستير في الطاقة الشمسية عام 1978 ثم حصل على الدكتوراه عام 1982 في حماية محركات مركبات الفضاء. وكانت حملته قد نفت أن يكون قد عمل في وكالة ناسا في أوائل الثمانينيات.
سُجن مرسي عام 2006، ثم وضع قيد الإقامة الجبرية في منزله. ثم عادت السلطات إلى اعتقاله أيضا في كانون الثاني عام 2011 قبيل اندلاع الثورة التي أطاحت بمبارك في شباط من العام ذاته.
ومثل محمد مرسي حزب الحرية والعدالة (الذراع السياسية لجماعة الإخوان المسلمين في مصر) في انتخابات الرئاسة المصرية عام 2012.
وكان حزب الحرية والعدالة قد أعلن في 7 نيسان 2012 عن ترشيحه محمد مرسي احتياطياً لمرشح الجماعة والحزب خيرت الشاطر، الذي استبعدته لجنة الانتخابات الرئاسية لاحقاً لأسباب قانونية. وبالتالي أصبح مرسي المرشح الرسمي للحزب والجماعة. وخاض محمد مرسي انتخابات الرئاسة ببرنامج "مشروع النهضة" الذي مثل برنامجه الانتخابي. ونفى خلال حملته الانتخابية شائعات حول إجرائه عملية جراحية بالمخ، وقال إنه أجرى جراحة بسيطة في لندن لإزالة ورم صغير أسفل الجمجمة، وقال إنه مصاب بداء السكري ويتعاطى عقاقير لعلاجه.