تواجه محافظة بابل تحدياً بيئياً وصحياً خطيراً من خلال تعدد مصادر تلوث الهواء فيها والمتمثل بمخلفات معامل وكور الطابوق والمعامل الاخرى، فضلا عن ازدياد أعداد المركبات والمولدات المنزلية ما اثر بنحو سلبي كبير على نسبة نقاء الهواء، ومن ثم الصحة العامة..
 حيث يوجد 5 آلاف كورة طابوق (حسب الإحصاءات الرسمية) تعمل بشكل غير شرعي، وتطلق يوميا أطناناً من الدخان الأسود الكثيف الى الجو، كما يحيط المحافظة عدد من معامل الطابوق الكبيرة التي تعمل بالنفط الأسود وتعمل بالقرب من عدد من مدن المحافظة ويطالب الكثير من مواطني بابل بنقل تلك المعامل خارج حدود المدن، وبعيداً عن المجمعات السكنية، ويدعو مجلس المحافظة الى العدول عن قراره بتأجيل الترحيل، الأمر الذي يعني الإمعان في الأضرار بالبيئة والصحة العامة.