تولى قيادة الحركة خلال المواجهة الاولى مع القوات اليمنية في 2004 حسين بدر الدين الحوثي الذي كان نائباً في البرلمان اليمني لدورتين انتخابيتين في انتخابات 1993- 1997 عن الحزب الحاكم (المؤتمر الشعبي العام) وقتل في نفس السنة،
فتولى والده الشيخ بدر الدين الحوثي قيادة الحركة، ثم تولى القيادة عبد الملك الحوثي الابن الاصغر لبدر الدين الحوثي، بينما طلب الابن الآخر يحيى الحوثي اللجوء السياسي في ألمانيا ويقود الجناح السياسي للحركة  . وولد حسين بدر الدين الحوثي عام 1956 في قرية آل الصيقي بمنطقة حيدان التابعة لمحافظة صعدة (250 كيلومترا شمال العاصمة صنعاء) قبل نحو 6 سنوات من اندلاع الثورة اليمنية في 26 سبتمبر عام 1962 التي قضت على الحكم الإمامي الذي شكل امتداداً للدولة الزيدية لأكثر من 11 قرناً. وكانت الدولة الزيدية تأسست في جبال صعدة وانطلقت منها على يد مؤسس المذهب الزيدي (الهادوي)، وهو أقرب مذاهب الشيعة الى السنة وأكثرها انفتاحاً على المذاهب الاسلامية، الإمام الهادي يحيى بن الحسين بن القاسم الرسي الذي جاء من الحجاز عام 284 هجرية )القرن التاسع الميلادي). وينتهي نسب الهادي الى الحسين بن علي بن أبي طالب كما ينتهي نسب حسين بدر الدين الحوثي لأسرة هاشمية، ويعتبر والده العلامة بدر الدين أحد أبرز مراجع المذهب الزيدي في اليمن.التحق حسين بمدارس التعليم السنية في محافظة صعدة التي كانت حركة "الاخوان المسلمين" تديرها قبل ان تتحول الى حزب سياسي عام 1990 هو "التجمع اليمني للاصلاح". وتلقى العلم على يد والده وعلماء المذهب الزيدي، وهذه من المفارقات اللافتة في شخصية الحوثي كونه تلقى التعليم في مدارس سنية سلفية وينتمي لأسرة عريقة في التشيع للزيدية. وبعد إكماله الدراسة الثانوية التحق الحوثي بكلية الشريعة في جامعة صنعاء وحصل على شهادة البكالوريوس في الشريعة والقانون. وفي عام 1992 قرر الانخراط في العمل السياسي كمؤسس لحزب "الحق" المعارض الذي أسسه علماء ومثقفون ورجال قبائل ينتمون للمذهب الزيدي. وكان حسين الحوثي تعمق في دراسة أصول المذهب وعلومه الشرعية وتاريخه السياسي في اليمن. وساند الحزب الاشتراكي اليمني )الشريك في الحكم آنذاك) تأسيس حزب "الحق" في اطار حساباته السياسية وحرصه على ايجاد قوى سياسية باتجاه ديني لمواجهة خصمه اللدود "التجمع اليمني للاصلاح" (ذي الاتجاه الاسلامي) الذي كان حليفاً لشريكه في الحكم "المؤتمر الشعبي العام".وفي عام 1993 فاز بأحد مقعدين في مجلس النواب عن حزب "الحق" في محافظة صعدة في الانتخابات النيابية، وتراجع عن ترشيح نفسه في انتخابات عام 1997 لمصلحة شقيقه يحيى عن المؤتمر الشعبي العام الحاكم بعد مرور عام على استقالة حسين ووالده بدر الدين والمئات من أنصارهما من حزب "الحق" بدعم غير مباشر من الحزب الحاكم.وبعدها تفرغ لإدارة نشاط منتدى "الشباب المؤمن" وقرر ايضاً الالتحاق بإحدى الجامعات السودانية لتحضير رسالة الماجستير في علوم القرآن وحصل عليها بتفوق، غير انه مزقها عام 2000 لقناعته بأن الشهادات الدراسية تعطيل للعقول. ويشهد له زملاؤه وأساتذته وأصدقاؤه بالذكاء والتفوق والتوسع في الدراسات الاسلامية والمذهبية ويأخذون عليه تشدده لآرائه وأفكاره وتعصبه المذهبي ، ثم استقل عام 2000 بإدارة "الشباب المؤمن" الذي كانت تديره مجموعة من المؤسسين في مقدمتهم شقيقه محمد، ومنذ ازدهار نشاط "الشباب المؤمن" وتوسيع قاعدته بين أوساط الشباب من أبناء المذهب الزيدي في مختلف المدن، قام بتسيير التظاهرات ورفع الهتافات في المساجد التي تدعو بـ "الموت لإسرائيل" و"الموت لأمريكا".وحدثت مصادمات بين أنصاره ورجال الشرطة واعتقلت اجهزة الأمن المئات من اتباعه، فيما رفض الحوثي الحوار مع الحكومة ومبادرات الوسطاء للعدول عن تشدده المذهبي قبل اندلاع المواجهات في صعدة في 18 حزيران  في جبال مران التي تمركز الحوثي والمئات من أنصاره فيها. ورفض الحوثي منذ بدء المواجهات مع القوات الحكومية 3 وساطات بادر الرئيس اليمني لإرسالها بعد وقف اطلاق النار من جانب القوات الحكومية، غير ان الحوثي رفض أي وساطة تطالبه بتسليم نفسه للسلطات الى ان لقي مصرعه في الحرب الاولى على يد القوات العسكرية الحكومية في 8 ايلول 2004 .ويصنف بعض علماء الدين الحركة بأنها شيعية اثنا عشرية، وهو ما ينفيه الحوثيون الذين يؤكدون أنهم "لب الزيدية عقيدة وفكرا وثقافة وسلوكا" رغم إقرارهم بالالتقاء مع الاثني عشرية في بعض المسائل كالاحتفال بعيد الغدير وذكرى عاشوراء.ويدعي الزيديون أنهم تعرضوا قبل الوحدة وبعدها للتمييز السياسي والاجتماعي والتهميش في الوظائف الحكومية والقمع المذهبي والفكري من قبل الأكثرية الشافعية، بل ويعيدون سياسات التمييز الى عام 1963 عندما أطيح بالإمامة الزيدية التي حكمت لأكثر من أحد عشر قرناً، بانقلاب أتى بالجمهورية، ويطالبون بمو