تعود جذور حركة الحوثي الي الثمانينيات من القرن الماضي، وبدأ أول تحرك مثمر ومدروس في عام 1982 على يد العلامة صلاح احمد فليتة،والذي انشأ في عام 1986
اتحاد الشباب وكان من ضمن ما يتم تدريسه مادة عن الثورةالايرانية ومبادئها يقوم بتدريسها محمد بدر الدين الحوثي. وفي عام 1988 تجدد النشاط بواسطة بعض الرموز الملكية التي نزحت الي المملكة العربية السعودية عقب ثورة 1962وعادوا بعد ذلك وكان من ابرزهم العلامة مجد الدين المؤيدي والعلامة بدر الدين الحوثي.ومع قيام الجمهورية اليمنية في 22 ايار 1900 تحولت هذه الانشطة الي مشروع سياسي، تساوقا مع المناخ السياسي الجديد الذي اقرالتعددية وقد اعلن ما يزيد عن 60 حزبا في اليمن تمثل جميع التوجهات القومية واليسارية والاسلامية والليبرالية، فيما تمثلت الاحزاب الشيعية في حزب الثورةالاسلامية، حزب الله، حزب الحق، اتحاد القوي الشعبية اليمنية. وقد تواري الحزبان الاولان (حزب الثورة، حزب الله)، فيما بقي في الساحة حزب الحق واتحاد القوى الشعبية،  وكان اكبر مهرجان لحزب الحق في منطقة الحمزات تحت مسمي (مخيم الفتح) واستمر لمدة اسبوع ظهرت على هامشه الخلافات بين حسين بدر الدين الحوثي وحسين الحوثي حسين . ابدى حسين بدر الدين الحوثي اهتماما كبيرا بتنظيم الشباب المؤمن وتفرغ له عازفاً عن الترشح في مجلس النواب، تاركا المقعد، الذي كان يشغله لأخيه يحيي بدر الدين الحوثي..تنظيم الشباب المؤمن هو التنظيم الذي علق حسين بدر الدين الكثير آمالة وطموحاته علية , وسعى لتوفير دعم كبير له سواء عن طريق الدعم الإيراني او الدعم الذي كان ينصب من قصر الرئاسة في حينها.وكان حسين الحوثي عضوا في البرلمان اليمني في الفترة ما بين 1993 الي عام 1997 ممثلا لمؤتمر الشعبي العام " الحزب الحاكم "،بعدها اخذ في بناء قاعدة لتأييده خاصة في مديرية حيدان دون ترخيص قانوني، أطلق عليها اسم الحوزة . وظهرت حركة جماعة الحوثيين في اليمن في محافظة صعدة شمال اليمن وهي حركة تصفها الدولة بأنها "متمردة وإرهابية وخارجة عن القانون"، وتُعرف بانتمائها للمذهب الزيدي "الشيعي" تنسب إلى العالم اليمني الزيدي بدر الدين الحوثي الذي يعد الأب الروحي للجماعة، وباتت تعرف بالحوثيين أو جماعة الحوثي، وهي امتداد لما يسمى بجماعة "الشباب المؤمن". ورغم ظهور الحركة فعلياً خلال العام 2004 إثر اندلاع أولى مواجهاتها مع الحكومة اليمنية، فإن بعض المصادر تعيد جذورها في الواقع إلى ثمانينيات القرن الماضي، ففي العام 1986 تم إنشاء "اتحاد الشباب" لتدريس شباب الطائفة الزيدية على يد صلاح أحمد فليتة، وكان من ضمن مدرسيه مجد الدين المؤيدي وبدر الدين الحوثي.وعقب الوحدة اليمنية التي قامت في مايو 1990 وفتح المجال أمام التعددية الحزبية، تحول الاتحاد من الأنشطة التربوية إلى مشروع سياسي من خلال "حزب الحق" الذي يمثل الطائفة الزيدية.