إندونيسيا هي جمهورية ذات نظام رئاسي بوصفها دولة لها حدودها، وسيادتها تتركز السلطة في الحكومة المركزية، في أعقاب استقالة الرئيس سوهارتو في عام 1998 ومنذ ذلك الحين مرت الهياكل السياسية والحكومية الإندونيسية بالإصلاحات الرئيسية، وهي اربعة تعديلات على دستور عام 1945 في إندونيسيا
 وتجديدات وتنفيدات قضائية وتشريعية، والرئيس هو رئيس الدولة والقائد العام للقوات المسلحة الوطنية الإندونيسية، ومدير الحكم المحلي وصانع السياسات، وهو المسيطر في الشؤون الخارجية ويتم تعيين رئيس الجمهورية ومجلس الوزراء الذين لا يطلب منهم ان يكونوا أعضاء منتخبين في المجلس التشريعي في انتخابات الرئاسية عام 2004 كانت أول مرة ينتخب فيها الشعب رئيس الجمهورية ورئس الوزراء، فيكون الانتخاب لرئيس واحد لمدة خمس سنوات ويحق له الترشح مرتين فقط.وأعلى هيئة تمثيلية على المستوى الوطني هي الجمعية الاستشارية الشعبية (الحركة الشعبية)، وظائفه الرئيسية هي دعم وتعديل الدستور وبذلك يبدأ الرئيس من هذا المجلس، وإضفاء الطابع الرسمي على الخطوط العريضة لسياسة الدولة، كما أن لديها القدرة على عزل الرئيس ويتألف من مجلسين وممثل مجلس الشعب (الديمقراطية) مع 550 عضوا والممثل الإقليمي للمجلس (DPD) مع 128 عضواً.اما معظم النزاعات المدنية فتحكمها محكمة الدولة؛ الطعن في الحكم أمام المحكمة العليا. المحكمة العليا هي أعلى محكمة في البلاد، وتنظر في الطعون بالنقض النهائي وعمليات استعراض الحالة، ثم محاكم أخرى تشمل المحكمة التجارية، التي تعالج حالات الإفلاس والإعسار؛ دولة المحكمة الإدارية للنظر في قضايا القانون الإداري ضد الحكومة، والمحكمة الدستورية للنظر في المنازعات المتعلقة بقانونية القانون، والانتخابات العامة، وحل الأحزاب السياسية، ونطاق سلطة من مؤسسات الدولة، والمحكمة الشرعية للتعامل مع الحالات الدينية المحددة.وبنت اندونيسيا علاقاتها الخارجية منذ سوهارتو"النظام الجديد"على أساس التعاون الاقتصادي والسياسي مع الدول الغربية، وهي تقيم علاقات وثيقة مع جيرانها في آسيا، كما تعد أحد الأعضاء المؤسسين للاسيان وقمة شرق آسيا وأيضا أستعادت علاقاتها مع الصين الشعبية بعدما كانت مناهضة للشيوعية في الحقبة الأولى لسوهارتو.واندونيسيا عضو في الأمم المتحدة منذ عام 1950، وكانت أحد مؤسسي حركة عدم الانحياز ومنظمة المؤتمر الإسلامي، بالاضافة الى انها من الدول الموقعة على منطقة التجارة الحرة للاسيان ومجموعة كيرنز، ومنظمة التجارة العالمية وكانت عضوا في منظمة الاوبك حتى عام 2008 حيث أصبحت من الدول غير المصدرة للنفط، واندونيسيا من الدول المحاربة للأرهاب منذ الانفجارات التي اسفرت عن مصرع 202 شخصا (من بينهم 164 سائحا اجنبيا) في بالي منتجع كوتا في عام 2002 ولحق بها خسائر اقتصادية وتضررت السياحة فيها وتضائلت فرص الاستثمار الخارجي