تتكون حكومة استونيا  ، أو السلطة التنفيذية من رئيس وزراء استونيا ، الذى يرشح من قبل الرئيس ويتم قبوله من هيئة البرلمان. حيث تمارس الحكومة السلطة التنفيذية وفقا لدستور  وقوانين الجمهورية ، وتتألف من 12 وزيرا بمن فيهم رئيس الوزراء. كما أن لرئيس الوزراء أيضا الحق في تعيين وزراء آخرين ،
 الذين سيوكلون للتعامل مع المواضيع والذين لن يكون لهم وزارة يتبعونها للسيطرة عليهم ، ليصبح بذلك وزيرا بلا حقيبة برلمانية والذى يشغل حاليا منصب وزير المناطق ، و لرئيس الوزراء الحق في تعيين 3 وزراء من هذا القبيل كحد أقصى ، ويعتبر 15 وزيرا الحد الاقصى للوزراء المعينين في حكومة واحدة . كما يعرف أيضا باسم مجلس الوزراء. وتنفذ حكومة البلاد السياسة الداخلية والخارجية ، وتتشكل من قبل البرلمان ، وتدير وتنسق عمل المؤسسات الحكومية وتتحمل المسؤولية الكاملة عن كل ما يحدث داخل السلطة من السلطة التنفيذية. وتعد الحكومة ، برئاسة رئيس الوزراء ، ممثلة القيادة السياسية في البلاد وهى التى تتخذ القرارات باسم السلطة التنفيذية برمتها.وواصلت استونيا تطوير الدولة الكترونيا اضافة الى تطوير الحكومة الإلكترونية. حيث يستخدم التصويت عبر الانترنت في الانتخابات التي جرت في استونيا. وقد تمت ممارسة أول تصويت عبر الإنترنت في انتخابات عام 2005 المحلية ، وأول تصويت عبر الانترنت في الانتخابات البرلمانية عام 2007 ، حيث أدلى نحو 30275 من الأفراد بأصواتهم عبر شبكة الإنترنت. كما يكون لدي الناخبين فرصة إبطال أصواتهم في الانتخابات التقليدية ، إن أرادوا ذلك. وفي تقرير عام 2007 لقائمة الدول التى تشجع حرية الصحافة العالمية ،صنف معلقو منظمة مراسلون بلا حدود استونيا في المرتبة الثالثة من بين 169 دولة.