ترجع بدايات تاريخ كمبوديا إلى مملكتى فونان وشتلا الهندوسيتين في القرون الأولى من التاريخ الميلادي، ووقعت كمبوديا تحت حكم الخمير في القرن السادس, وتوسعت إمبراطوريتهم وضمت كثيرا من أراضي لاوس وتايلاند وفيتنام, وشيدت معابد أنكوروات الحجرية التي تعتبر واحدة من أعظم المنجزات المعمارية في جنوب شرق آسيا. وفى عام 1431 اجتاح السياميون
 المنطقة وشهدت السنوات التالية صعود السياميين والفيتناميين واللاويين, وفي منتصف القرن الثامن عشر كانت حدود كمبوديا تشمل الأدلة المتفرقة على وجود الإنسان البليستوسيني في كمبوديا الحالية من خلال أدوات من الكوارتز عثر عليها على ضفاف نهر ميكونغ، في مقاطعتي ستنغ ترينغ وكراتيه، وفي مقاطعة كامبوت، لكن لا يمكن الاعتماد عليها لتحديد فترتها الزمنية ، و تظهر بعض الأدلة الأثرية القليلة مجتمعات تعتمد الصيد - قطف الثمار خلال العصر الهولوسيني: حيث يعتبر كهف لانغ سبين أقدم موقع أثري في كمبوديا، في مقاطعة باتامبانغ، والتي تنتمي إلى ما يدعى بفترة هوابينيان. أظهرت الحفريات في الطبقات الدنيا سلسلة من الكربون المشع تعود إلى 6000 ق.م ،  تظهر الحفريات في الطبقات العليا من نفس الموقع دلائل على الانتقال إلى العصر الحجري الحديث، والتي تحتوي على أواني خزفية تعد الأقدم في في كمبوديا ، إن السجلات الأثرية للفترة بين العصر الهولوسيني والعصر الحديدي لا تزال محدودة. من المواقع الأخرى التي كشفت الحفريات فيها عن آثار تعود إلى عصور ما قبل التاريخ سامرونغ سين (لا تبعد كثيراً عن العاصمة القديمة اودونغ)، حيث بدأت الحفريات الأولى فقط في عام 1877، وبوم سناي في محافظة بانتي مينشي الشمالية ، كما يتم الكشف بين الحين والآخر عن قطع أثرية لما قبل التاريخ خلال العمل في المناجم راتاناكيري. من الأدلة الأبرز لما قبل التاريخ في كمبوديا "المتاريس الدائرية"، والتي اكتشفت في التربة الحمراء قرب ميموت في المنطقة المتاخمة لفيتنام في نهاية الخمسينيات من القرن الماضي. لا يزال تأريخها ووظيفتها محط جدل، لكن بعضها قد يعود إلى الألفية الثانية قبل الميلاد على الأقل ، و يعد دخول زراعة الأرز من الأحداث المحورية في فترة ما قبل التاريخ الكمبودي. بدأت آليات هذه الزراعة بالدخول تدريجياً وببطء عبر مزارعين من الشمال في أواخر الألفية الثالثة قبل الميلاد. تحدث أولئك غالباً باللغة مون-خمير سلف لغة الخمير الحالية،  بدأ استخدام الحديد تقريباً نحو 500 ق.م. يأتي الجزء الأكبر من الأدلة من هضبة خورات الواقعة حالياً في تايلاند. ظهرت بعض آثار العصر الحديدي في بعض المستوطنات في كمبوديا تحت المعابد الأنغكورية، مثل باكسي تشامكرونغ، بينما كان البعض الآخر بشكل المتاريس الدائرية، كما في لوفيا، بضعة كيلومترات إلى الشمال الغربي من أنغكور. تشهد المدافن على تحسن توفر الغذاء والتجارة (حتى على مسافات بعيدة: ظهرت العلاقات التجارية مع الهند في القرن الرابع قبل الميلاد)، ووجود بنية اجتماعية وتنظيم العمل. وبعد سلسلة طويلة من الحروب مع الممالك المجاورة، استولت مملكة ايوتهايا على أنغكور والتي هجرت في عام 1432 بسبب انهيار البنية التحتية وفشلها البيئي. نقل البلاط الملكي حينها إلى لوفيك العاصمة الجديدة حيث سعت المملكة لاستعادة مجدها من خلال التجارة البحرية. لم تدم هذه المحاولات طويلاً، حيث أن الحروب المستمرة مع ايوتهايا والفييتناميين أسفرت عن فقدان المزيد من الأراضي وسقوط لوفيك نهاية عام 1594.