دخلت المسيحية البروتستانتية نيجيريا في منتصف القرن التاسع عشر وخاصة منطقة نفوذ قبيلة اليوروبا بواسطة بعض النيجيريين ممن استرقوا وبيعوا في سوق النخاسة بأميركا ثم عادوا من جديد إلى موطنهم الأصلي.ففي عام 1844 أسس هنري تاونسند مع بعض الأرقاء السابقين أول بعثة أنجليكانية شمال مدينة لاغوس. وتم تنصيب صامويل كروثر-وهو من أرقاء منطقة أويو سابقا- أسقفا أنجليكانيا عام 1864 بلاغوس. وقد توسع الانتشار المسيحي بعد هذا التاريخ ليشمل إلى جانب الكنائس الأنجليكانية كنائس معمدانية وغيرها. وقد عرفت سنة 1868 أول ظهور لكنيسة كاثوليكية في نيجيريا.
وتركز نشاط الكنائس النيجيرية في البداية على القطاع التعليمي متمثلا في إنشاء المدارس ورعايتها. إلا أنه بعد حرب إقليم بيافرا الأهلية التي عرفتها البلاد نهاية الستينيات وبداية السبعينيات تم تأميم عدد من هذه المدارس مما حد من انتشار المسيحية حينها. وتكثر في نيجيريا الكنائس"المستقلة"وهي كنائس لا تتبع بالضرورة للكنائس الأنجليكانية أو المعمدانية في الغرب وتسمى هذه الكنائس بـ"كنائس الأدورا". ويرى أساقفتها-وهم أفارقة أساسا- أنهم أسسوها استجابة لـ"إلهام مقدس"أوحي به إليهم. وتمتاز تعاليمها بالتمسك بحرفية النص المقدس وبإيمان مطلق بأن للروح تأثيرا على عالم الحس.ومن بين كنائس"الأدورا"كنيسة المسيح الرسولية وهي أقدمها وقد تأسست بعدما انتشرت الأنفلونزا بنيجيريا فدعا بعض الأساقفة من مؤسسي هذه الكنيسة إلى اعتماد الصلاة علاجا ورفض أي علاج طبيعي، وكنيسة المسيح السماوية المؤسسة عام 1949، وكنيسة الإنجيل لحياة أكثر عمقا أسسها الأستاذ الجامعي القس وليام كوموي وقد تطورت كثيرا خلال السنوات الماضية، ويذكر أن الكنائس"المستقلة"تكاثرت بنيجيريا تكاثرا كبيرا حتى دخلها بعض من يبحث عن الشهرة والثروة وقد زاد عددها على العشرة آلاف.وبادر المسيحيون بعد تأسيس"جمعية نصر الإسلام"إلى إنشاء اتحاد الكنائس النيجيري عام 1965، ثم طورت الكنائس البروتستانتية والكاثوليكية تنظيمها وتنسيقها بعد سنتين من ذلك التاريخ لتؤسس الجمعية المسيحية النيجيرية"كان"(Christian Association of Nigeria- CAN) وتضم على وجه الخصوص اتحاد الكنائس النيجيري والكنيسة الكاثوليكية والكنائس الخمسينية والكنائس المستقلة، وتسعى"كان"إلى توحيد كلمة المسيحيين والتحدث باسمهم مع الدولة ومع المسلمين.ومن بين الجمعيات المسيحية ذات الحضور الفاعل في الساحة المسيحية النيجيرية جمعية مملكة الرب وحركة إخوان النجمة والصليب وحركة المولود من جديد وحركة الأحد الأفضل.ولاتتفق الأرقام حول نسب كل طائفة من الطوائف الدينية النيجيرية لعدم وجود إحصاءات علمية دقيقة وإن كان الرأي الغالب يميل إلى أن المسيحيين يمثلون 40% من مجموع السكان والمسلمين 50% و10% من الوثنيين. ويشكل البروتستانت ثلاثة أرباع المسيحيين والربع الباقي من الكاثوليك.