 الخبير القانوني مروان الشريفينص قانون الهيئة يمنحها صلاحيات التحقيق في (قضية فساد) بواسطة احد محققيها تحت إشراف قاضي التحقيق المختص ويرجع اختصاص الهيئة التحقيقي في قضايا الفساد الى اختصاص الجهات التحقيقية الأخرى بضمنها الجهات  التحقيقية العسكرية والجهات التحقيقية لدى قوى الأمن الداخلي ، ويتوجب على تلك الجهات إيداع الأوراق والوثائق والبيانات المتعلقة بالقضية الى هيئة النزاهة متى ما اختارت الهيئة إكمال التحقيق فيها،
 ولمحقق الهيئة صلاحية ممارسة اختصاصاته التحقيقية في جميع إرجاء الجمهورية ويتعامل قاضي التحقيق المختص مع مطالعاته وطلباته وإجراءاته التحقيقية كما يتعامل مع المحققين التابعين له ويتبع محققو الهيئة قضاة التحقيق من الناحية الفنية، كما إن لرئيس الهيئة باقتراح من المدير العام للتحقيقات الحق في  فتح مكاتب تحقيق في الأقاليم التي لا توجد فيها هيئة نزاهة خاصة بإقليم في المحافظات غير المنتظمة بإقليم والاقضية والنواحي بالتنسيق مع الجهات المعنية ويجري التنسيق بين هيئة النزاهة والمؤسسة بموجب هذا القانون ويحق لهيئات النزاهة في الأقاليم مكافحة الفساد، ومتاح للهيئة استخدام وسائل التقدم العلمي وأجهزة وآلات والتحري والتحقيق وجميع الأدلة ولها ان تتخذها سبباً للحكم، وتنص المادة(13) للهيئة بقرار من أدلة وقرائن رئيسها حفظ الاخبارات دون عرضها على قاضي التحقيق المختص ، اذا وجدها لا تتضمن جريمة ما ، او اذا ثبت لديه بالتحريات والتحقيقات الأولية عدم صحة الإخبار أو كذبه، ولقاضي التحقيق طلب اي اخبار حفظ لأحكام البند (اولا) من هذه المادة واتخاذ مايراه مناسباً بشأنه وفقاً لأحكام القانون ،يتوجب على قاضي التحقيق في الدائرة القانونية في الهيئة عند استهلاله التحقيق في اي قضية فساد ويطلعها على سير التحقيق فيها بناء على طلبها، وتكون الهيئة طرفاً في كل قضية فساد لا يجري التحقيق فيها بواسطة احد محققي دائرة التحقيقات ولها متابعتها بواسطة ممثل قانوني بوكالة رسمية وللهيئة حق الطعن بطرق التمييز بقرار قاضي التحقيق القاضي ورفض طلبها لاي سبب بالقضية  ، تلتزم جميع دوائر ومؤسسات الدولة العامة بتزويد الهيئة بما تطلبه من وثائق وأوليات ومعلومات التي تتعلق  بالقضية التي يراد التحري او التحقيق بها، وتتعاون معها لتمكينها من أداء مهامها التحقيقية المنصوص عليها في هذا القانون ، وتضمن الهيئة خلال قيامها بواجبها التحقيقي ان لا تتدخل في عمل الوزارات والمؤسسات الرسمية وان تحترم صلاحيات واختصاصات قياداتها وموظفيها القانونية وان يقوم محققوها بالإجراءات التحقيقية بصورة منفصلة وغير مؤثرة سلباً على أعمال واختصاصات وصلاحيات الفنيين المعنيين.