يحيى الكبيسي أثار إقرار قانون التعديل الثاني، قانون انتخاب مجالس المحافظات والأقضية والنواحي رقم (36 ) لسنة 2008 في مجلس النواب العراقي في الأول من آب الجاري، اعتراضاً رئيسياً يتعلق بعدم تعديل المادة 13/ خامساً الخاصة بتوزيع المقاعد الشاغرة، التي تنص على أن:
 "ﺗﻤﻨﺢ اﻟﻤﻘﺎﻋﺪ اﻟﺸﺎﻏﺮة ﻋﻨﺪ وﺟﻮدها ﻟﻠﻘﻮاﺋﻢ اﻟﻤﻔﺘﻮﺣﺔ اﻟﻔﺎﺋﺰة اﻟﺘﻲ ﺣﺼﻠﺖ ﻋﻠﻰ أﻋﻠﻰ ﻋﺪد ﻣﻦ اﻷﺻﻮات ﺑﺤﺴﺐ نسبة ﻣﺎ ﺣﺼﻠﺖ عليه ﻣﻦ اﻟﻤﻘﺎﻋﺪ ﻻﺳﺘﻜﻤﺎل جميع اﻟﻤﻘﺎﻋﺪ اﻟﻤﺨﺼﺼﺔ ﻟﻠﺪاﺋﺮة اﻻﻧﺘﺨﺎبية". على الرغم من أن مشروع قانون التعديل المقدم من الحكومة كان قد اقترح في المادة 2 منه إلغاء الفقرة خامساً من المادة 13 من القانون وأحل محلها الفقرة الآتية: "تمنح المقاعد الشاغرة عند وجودها للقوائم حسب الباقي الأقوى".وقد دفع هذا الأمر بعض الكيانات السياسية ومنظمات المجتمع المدني إلى التهديد بالذهاب إلى المحكمة الاتحادية العليا للطعن بعدم دستورية الفقرة خامسا من المادة 13 المشار إليها من القانون، إذ دعا القيادي في الحزب الشيوعي العراقي مفيد الجزائري إلى إطلاق حملة وطنية لإدانة موقف مجلس النواب، الرافض لقرار المحكمة الاتحادية بشأن اعتماد مبدأ "الباقي الأقوى" في توزيع المقاعد الشاغرة، كما دعم توجه بعض النواب للطعن به وبما نجم عنه أمام المحكمة الاتحادية (المدى السبت 4 /8 /2012). كما وجهت منظمة تموز للتنمية الاجتماعية نداء إلى منظمات المجتمع المدني ووسائل الإعلام جاء فيه "إن تشريع هذا التعديل هو انتهاك صريح لقيم الديمقراطية، فهو يسرق صوت المواطن الذي شارك ليختار من يمثله في مجلس المحافظة". وهددت المنظمة بـ "رفع دعوى قضائية على رئاسة مجلس النواب  إلى المحكمة الاتحادية من أجل التراجع عن هذا التعديل غير الدستوري، والقيام بفعاليات احتجاجية متنوعة، لتنبيه مجلس النواب إلى الخرق الذي وقع فيه، شبيهة بالفعاليات التي أنهت الجلسة المفتوحة للبرلمان الحالي" (أصوات العراق في 8/8/2012). وصولا إلى إعلان رئيس كتلة الاتحاد الإسلامي الكردستاني النائب نجيب عبدالله بتاريخ 17/8/2012  تقديم مجموعة من النواب وقوى التيار الديمقراطي، طلبا للمحكمة الاتحادية لطعن الفقرة (5) للمادة (13) لقانون انتخابات مجالس المحافظات رقم (36)، المتعلقة بتوزيع المقاعد الشاغرة.لقد بدأت "معضلة الباقي الأقوى" مع قانون التعديل الأول لقانون انتخاب مجلس النواب رقم 26 لسنة 2009 الذي عدل بموجب المادة 3/رابعا منه نص المادة 16 من القانون انتخاب مجلس النواب رقم 16 لسنة 2005 التي كانت تنص على أن توزع المقاعد الشاغرة "باعتماد طريقة الباقي الأقوى"، حيث نصت المادة المعدلة على أن "تمنح المقاعد الشاغرة للقوائم الفائزة التي حصلت على عدد من المقاعد بحسب نسبة ما حصلت عليه من الأصوات". وقد تم رفع دعوى إلى المحكمة الاتحادية العليا بشأن هذا التعديل في العام 2010، وكان حكم المحكمة حينها قد رأى أن "توزيع المقاعد الشاغرة قبل وبعد التعديل المشار إليه يتم بترحيل صوت الناخب من المرشح الذي انتخبه إلى مرشح آخر لم ينتخبه أصلا وخلافا لإرادته"، وإلى أن "عملية تحويل صوت الناخب بدون إرادته من المرشح الذي انتخبه إلى مرشح من قائمة أخرى لم تتجه إرادته إلى انتخاب مرشح منها، يشكل اعتداء على حقه بالتصويت وتجاوزا على حرية التعبير عن الرأي وبالتالي يشكل مخالفة لنص المادة 20 والمادة 38/أولا من الدستور" ومن ثم قررت الحكم بعدم دستورية هذا التعديل (12 اتحادية 2010 الصادر في 14/6/2010). لقد استند المعترضون إلى التعديل الأخير لقانون انتخاب مجالس المحافظات على هذا الحكم لتقرير عدم دستوريته، إذ