ترجع بداية تأسيس متاحف الفاتيكان إلى منحوتة رخامية واحدة اشتراها الفاتيكان قبل نحو 500 عام، وهي تمثال  " لاكون وأبناؤه"  وهو الكاهن الذي حسب المثيولوجيا الإغريقية حاول أن يقنع شعب طروادة بأن لايقبلوا "هدية" اليونانيين وهي " حصان طروادة.. الحصان المجوف "، وكان التمثال قد اكتشف في  " 14 يناير/ كانون الثاني 1506 م  في مزرعة للعنب خلف " بازلكية "
 سانتا ماريا مايوري في " روما، ثم قام البابا جوليوس الثاني بإرسال جوليانو دو سانغالو و" مايكل أنجلو " الذي كان يعمل في الفاتيكان أرسلهم لدراسة الاكتشاف. وبناء على توصياتهما قام جوليوس الثاني بشراء المنحوتة من مالك مزرعة العنب.وتم وضع مجموعة الفاتيكان في أحد البيوت في روما، حتى أمر البابا بيوس الحادي عشر ببناء مبنى مستقل صممه لوكا بلترامي، والمتحف لديه أعمال فنية لعدد من الفنانين بينهم مايكل أنجلو ورافيللو وفرا أنجيليكا. أما أرشيف الفاتيكان السري فهو موجود في مدينة الفاتيكان، و هو يحتوي على وثائق مهمة خاصة بالكتاب المقدس ومجموعة من الوثائق والكتب الأخرى، وتحتوي هذه الأوراق على أوراق الدولة، المراسلات و حسابات الكتب و العديد من المستندات الاخرى التي احتفظت بها الكنيسة في القرن السابع عشر، بناءً على أوامر البابا بول الخامس، وتمت إزالة الأرشيف السري و بقي في مكان مغلق في الفاتيكان حتى أواخر القرن التاسع عشر، عندما تم فتحها بواسطة البابا  ليو الثالث عشر.وقد تم تقديرارشيف الفاتيكان السري  بحوالي 52 ميلاً من اللفافات، و حوالي 35000 جزء في الدليل الانتقائي وحده: "نشر الفهارس جزئيا او كليا، شيء محرم تماما" و ذلك تبعا للتعليمات الحالية والارشيفات السرية تدعم استديوهات الحماية الخاصة بهم.وطبقا لموقع الفاتيكان، فإن اقدم وثيقة موجودة يعود تاريخها إلى نهاية  القرن الثامن، فيما تسببت الثورات السياسية و الانتقالات إلى خسارة كبيرة في المواد الأرشيفية، وبدءا من 1198 اصبحت عملية التوثيق اكثر دقة، لكن مع ذلك فالتوثيق ضئيل إلى حد ما قبل القرن الثالث عشر، ومنذ ذلك الوقت، التوثيق يشمل اشياء مثل طلب هنري الثامن ملك انجلترا الغاء الزواج، و خطابات من مايكل انجلو.وفي 1883، فتح البابا ليو الثالث عشرالارشيفات التي يرجع تاريخها إلى 1815 او ما بعد ذلك إلى العلماء  غير الكتابيين،  (المؤرخ البابوى الاول الذي يستفيد بشكل اساسي من الارشيفات السرية كان المؤرخ المتعاطف مع البابوية،  لودويج فون باستور) ثم اطلقت بعد ذلك الوثائق لمرة اخرى في عام 1924، عندما فتحت الوثائق السرية إلى نهاية عهد البابا جورج السادس عشر 1 حزيران 1846، منذ ذلك الوقت، الارشيفات السرية فتحت كالتالي:  ــ   1966 الوثائق من عهد بيوس التاسع  (1846-1878).   ــ   1978 الوثائق من عهد ليو الثالث عشر (1878-)1903.ـــ  1985 الوثائق من عهد بيوس العاشر (1903-1914) وبيندكيت الخامس عشر1914 ــ 1922.وفي 20 شباط 2002،اتخذ البابا جون بول الثاني خطوة استثنائية من اجل ان يجعلها متاحة، لاسيما بعض الوثائق من الارشيفات السرية حالة الامانة  (القسم الثاني)، الذي يخص علاقات الفاتيكان مع ألمانيا خلال عهد البابا بيوس الحادي عشر (1922-1939)،  وكان سبب الفاتيكان من اجل هذا التحرك هو " وضع نهاية للتخمين الظالم والطائش."في حزيران 2006، خول البابا بيندكيت  السادس عشر فتح ارشيفات الفاتيكان لعهد البابا بيوس الحادي عشر. على اية حال الملفات لم تكن متاحة من اجل العرض العام.