استطاع عرب العتوب بقيادة آل خليفة إخراج الإيرانيين من جزيرة البحرين، وأقاموا فيها إمارة شبه مستقلة. وقد هاجر العتوب من الكويت واستقروا على ساحل قطر المواجه للبحرين (الزبارة) ودخلوا في معارك طويلة مع الإيرانيين، ولكنهم انتصروا عليهم نهائيا عام 1783. وقد تحالفت معهم قبائل قطرية مثل آل مسلم من الحويلة، وآل بن علي من الفويرط، وآل سودان من الدوحة، وآل بوعينين من الوكرة، والقبيسات من العديد، وآل السليط من الدوحة، والمنانعة من أبو الظلوف، والسادة من قطر.
وتحولت البحرين من مستعمرة إيرانية إلى إمارة عربية يحكمها شيوخ آل خليفة من العتوب، وبنوا أسطولا تجاريا مهما، وازدهرت تجارة اللؤلؤ وحركة نقل البضائع.وفي عام 1868 وقعت بريطانيا معاهدة مع الشيخ عيسى بن علي آل خليفة، وكان شيخ آل خليفة هو محمد بن خليفة، ولكنه فر إلى قطر خوفا من البريطانيين. وكانت بريطانيا بدأت في تلك الفترة سلسلة من المعاهدات مع شيوخ القبائل المسيطرة على ساحل الخليج، حتى سمي بالساحل المعاهد.وفي عام 1869 تولى الشيخ عيسى بن علي الإمارة، وأجرى عام 1897 تنظيما لانتقال الحكم في ذريته، وعين ابنه الشيخ حمد وليا للعهد، ووثق ذلك في وثيقة وقع عليها عدد كبير من وجهاء البحرين، وطلب أيضا مصادقة الحكومة البريطانية على ذلك، واعترفت حكومة الهند البريطانية بتنصيب الشيخ حمد وليا للعهد، وصدقت الحكومة البريطانية المركزية، ولكنها تأخرت في إبلاغ الشيخ عيسى حتى عام 1901 لأنها كانت تريد من الشيخ عيسى ملاحقة بعض الشيوخ والقبائل المزعجة لبريطانيا. وظل الحكم ينتقل سلميا في أبنائه حتى اليوم على النحو التالي: الحاكم       مدة الحكمأحمد بن محمد بن خليفة الفاتح (المؤسس) 1783-1794سلمان بن أحمد بن محمد  1794-1821عبد الله بن أحمد بن محمد  1821-1842محمد بن خليفة بن سلمان  1842-1867علي بن خليفة بن سلمان   1867-1869محمد بن عبد الله بن أحمد     خلال 1869عيسى بن علي بن خليفة   1869-1932حمد بن عيسى بن علي بن خليفة  1932-1942سلمان بن حمد بن عيسى بن علي  1942-1961عيسى بن سلمان بن حمد بن عيسى  1961-1999حمد بن عيسى بن سلمان       منذ 1999