تعرض السيخ لاضطهاد "المغول" ، الذين أعدموا اثنين من معلميهم ، وقد كان أشد المغول عليهم نادر شاه 1738 – 1839 م ، الذي هاجمهم ، مما اضطرهم إلى اللجوء إلى الجبال ، والشعاب ، وصاروا بعد عام 1761 م حكاماً لـ "البنجاب" ؛
 وذلك بعد ضعف "المغول" ، حيث احتلوا لاهور عام 1799 م ، وفي عام 1819 م امتدت دولتهم إلى بلاد "الباتان" ، وقد وصلت إلى ممر "خيبر" في عهد المهراجا "رانجيت سنغ" – توفي 1839 م - متغلبين على الأفغان . ثم تحول السيخ إلى أداة في أيدي الإنجليز يضطهدون بهم حركات التمرد 1857 م ، وحصلوا من الإنجليز على امتيازات كثيرة ، منها منحهم أراضي زراعية ، وإيصال الماء إليها عبر قنوات ، مما جعلهم في رخاءٍ مادي ، يمتازون به عن جميع المقيمين في المنطقة ، وفي الحرب العالمية الأولى كانوا يشكلون أكثر من 20 % من الجيش الهندي البريطاني ، ثم ألغت الحكومة الهندية الامتيازات التي حصل عليها السيخ من الإنجليز ، مما دفعهم إلى المطالبة بولاية "البنجاب" وطناً لهم .وعلى إثر المصادمات المستمرة بين الهندوس والسيخ : أمرت " أنديرا غاندي " - رئيسة وزراء الهند - في شهر حزيران  1984 م باقتحام المعبد الذهبي في " أمرتيسار " حيث اشتبك الطرفان ، وقتل فيه حوالي 1500 شخص من السيخ ، و 500 شخص من الجيش الهندي  . وفي يوم 31 تشرين الثاني  1984 م أقدم السيخ على قتل رئيسة الوزراء هذه ؛ انتقاماً لاقتحام المعبد ، وقد حصلت مصادمات بين الطرفين عقب الاغتيال قتل بسببها عدة آلاف من السيخ يقدرها بعضهم بحوالي خمسة آلاف شخص .لقد اشتهر السيخ خلال حكمهم بالتعسف والظلم والجور والغلظة على المسلمين ، مثل : منعهم من أداء الفرائض الدينية ، والأذان ، وبناء المساجد في القرى التي يكونون فيها أكثرية ، وذلك فضلاً عن المصادمات المسلحة بينهما ، والتي يقتل فيها كثير من المسلمين الأبرياء ، ومن الذين قُتل على أيديهم العالِم القائد شاه محمد إسماعيل الدهلوي ، وهو المعروف بـ "إسماعيل الشهيد" ، وذلك في معركة "بالاكوت" سنة 1246هـ (1831 م).