يعود تاريخ التعليم النظامي في استونيا الى القرنين الثالث عشر والرابع عشر عندما تم تأسيس النواة الأولى للمدارس الرهبانية والكاتدرائية . و نشر الكتاب التمهيدي الأول باللغة الاستونية في عام 1575. وتعتبر جامعة تارتو هي أقدم الجامعات التي أنشأها الملك السويدي غوستاف أدولف الثاني فى عام 1632. و في عام 1919 ، تم تدريس الدورات الدراسية الجامعية للمرة الأولى باللغة الاستونية.
أما اليوم فإن التعليم في استونيا ينقسم إلى نوعين هما التعليم المهني و تعلم الهوايات. و يقوم نظام التعليم على أربعة مستويات ، والتى تشمل مرحلة ما قبل المدرسة والتعليم الأساسي والتعليم الثانوي والعالي. وقد تم إنشاء شبكة واسعة من المدارس و مؤسسات تعليمية مساعدة. و يتألف النظام التعليمي فى استونيا من الدولة ، والبلديات ، والمؤسسات التعليمية العامة والخاصة . ويبلغ عدد المدارس حاليا في استونيا 589 مدرسة . أما التعليم الأكاديمى العالي في استونيا فينقسم إلى ثلاثة مستويات : مستوى دراسات البكالوريوس ، ودراسات الماجستير و دراسات الدكتوراه. وتندمج كل من درجة البكالوريوس والماجستير فى وحدة واحدة في بعض التخصصات ومنها (الدراسات الأساسية الطبية والبيطرية ، والصيدلة ، وطب الاسنان ، و الهندسة المعمارية ، وبرنامج معلم الصف) . و تتسم الجامعات الإستونية العامة إلى حد كبير بالاستقلالية فى القرارت التى تخصها أكثر من مؤسسات التعليم العالي التطبيقية . بالإضافة إلى تنظيم الحياة الأكاديمية في الجامعة ، يمكن لتلك الجامعات تأليف المناهج الجديدة ، ووضع شروط القبول ، والموافقة على الميزانية ، والموافقة على خطة التنمية ، وانتخاب رئيس الجامعة واتخاذ القرارات المفيدة في المسائل الجوهرية. كما أن استونيا لديها عدد معقول من الجامعات العامة والخاصة. ومن أكبر الجامعات العامة جامعة تارتو ، جامعة تالين للتكنولوجيا ، جامعة تالين ، جامعة إستونيا لعلوم الحياة ، أكاديمية استونيا للفنون ، و الكلية الاستونية لإدارة الأعمال حيث تعتبر أكبر جامعة خاصة.